A paróquia de S. Pedro é considerada a segunda na ordem das precedências, surgindo logo após a de Santa Maria, com a qual se acredita ter concorrido desde sempre. Apesar do primeiro documento que refere esta igreja ser datado de 1249, acredita-se que já existiria no reinado de D. Afonso Henriques. Devido às remodelações sofridas, sobretudo no século XVI, não sabemos como este edifício era inicialmente. Não obstante, autores como Madeira Torres ou Júlio Vieira acreditam que era o que tinha melhores condições e que teria sido esse o motivo pelo qual D. João IV, ao visitar Torres Vedras, tinha ficado hospedado numa das suas dependências. Tal como aconteceu com outras paróquias, também esta foi doada pela coroa à Casa das Rainhas. Na sequência do decreto patriarcal de 4 de Novembro de 1859, a paróquia de S. Tiago foi anexada à de S. Pedro.