A Irmandade dos Clérigos Pobres estava sediada na igreja de S. Pedro, desde data ainda desconhecida. Não obstante, sabe-se que já lá estava em 1481, ano em que D. Afonso V lhe concedeu privilégios, nomeadamente o direito a um açougue privativo. Ao longo da sua existência os irmãos ter-se-ão regido por, pelo menos, dois compromissos, um cuja data desconhecemos, e outro de 5 de Maio de 1744. As suas principais festas anuais eram a que consagravam à Santíssima Trindade, a sua padroeira, e a dos Santos Inocentes, em que celebravam o nascimento do filho de Deus. Os seus rendimentos eram todos gastos com as missas pelos irmãos vivos e defuntos, com as esmolas dadas aos irmãos e aos estranhos necessitados, com os gastos na cera para o ofício geral anual pelos irmãos defuntos e com os mensais pelos mesmos e por quem lhes deixava bens. Esta irmandade não é citada nas Memórias Paroquiais de 1758. Todavia, encontrámos documentação sobre a mesma referente a anos posteriores. Por isso, e sem ter nada que confirme, supomos que, aquando das Memórias Paroquiais, ou ela teria saído da igreja de S. Pedro ou teria desaparecido durante algum tempo.