A data da fundação da igreja de S. Miguel é desconhecida, mas sabe-se que já existia na época de D. Afonso Henriques. Das quatro paróquias, esta prima pela diferença, não só por ser a que recebeu a mais pequena área do espaço urbano e a maior do periurbano, mas também porque se situava no arrabalde da vila, na margem esquerda do rio Sizandro, entre este e o monte do castelo, num local constantemente sujeito a cheias, o que impedia o surgimento de bairros em redor do templo. Além disso, era a mais pobre, como se comprova pelo facto de não possuir sequer um altar com sacrário fixo do Santíssimo Sacramento, nem casa onde o pároco e o ermitão pudessem residir. Esta igreja pertencia inicialmente à coroa. Todavia, no ano de 1457 passou a depender dos abades de Alcobaça que, em troca, deram o senhorio da vila de Beringel. Em 1649, vendo-se que a igreja estava em péssimas condições e que as cheias ainda pioravam mais a situação, pensou-se fazer uma nova igreja num outro local. Contudo, procedeu-se apenas à reedificação da antiga, obra que só se finalizou em 1716. A paróquia foi extinta a 4 de Novembro de 1859 e anexada à de Santa Maria. Os seus rendimentos foram incorporados no Seminário Patriarcal, as suas alfaias divididas pelas outras igrejas e a pedraria do edifício utilizada em obras públicas.