As Juntas da Paróquia, que correspondem à mais pequena unidade administrativa, têm origem nas freguesias religiosas e correspondem aos seus limites territoriais. Foram instituídas pelo decreto de 26 de Novembro de 1830 com o intuito de substituir os juízes das vintenas, ou dos limites, e os juízes eleitos. Contudo, o decreto só foi executado numa parte dos Açores, onde estava o Governo da Regência.
No entanto, em 1832 as juntas de paróquia foram excluídas da divisão do território e da organização administrativa e passaram a ser consideradas meros agregados sociais e religiosos.
O Decreto de 18 de Julho de 1835 confirmou as freguesias, restabeleceu as juntas de paróquia e consignou as suas funções administrativas: cuidar na conservação e reparo da igreja que está a cargo dos paroquianos, e nas despesas do culto divino a que estes estão obrigados; reger e promover na administração de quaisquer rendimentos ou esmolas que estejam aplicadas para a fábrica desta parte da igreja; nomear de entre os vizinhos da paróquia um morador dos mais abastados, que sirva por espaço de um ano de tesoureiro para receber quaisquer dinheiros pertencentes ao comum da paróquia; regular a administração de quaisquer bens, edifícios ou rendimentos que possa haver pertencentes à paróquia; tomar contas ao Comissário de Paróquia das receitas e despesas dela, as quais este será obrigado a apresentar na primeira sessão do ano, e que serão definitivamente ajustadas pelo Conselho do distrito; requerer à Câmara Municipal o estabelecimento das posturas que forem necessárias para o bom regulamento da freguesia e sobre os objectos que possam interessar essencialmente aos vizinhos da paróquia; e nenhum pagamento será feito senão em consequência de deliberação da Junta, e à vista de mandados assinados pelo Comissário da Paróquia.
Após a publicação da lei de 29 de Outubro de 1840, os párocos passaram a ser, obrigatoriamente, os presidentes das Juntas de Paróquia, que deixaram de fazer parte da organização administrativa e se limitaram a administrar a fábrica da igreja e os bens comuns da freguesia e a praticar actos de beneficência e piedade.
Em 1870, as juntas de paróquia foram novamente extintas, mas apenas durante cinco meses, pois voltaram a fazer parte da organização administrativa após a aprovação do Novo Código, datado de 21 de Julho de 1870.
Com o novo código de 1870, o presidente da Junta da Paróquia deixou de ser o pároco e passou a ser eleito em escrutínio secreto. Além disso, determinaram-se as obrigações e as deliberações da Junta da Paróquia e especificaram-se as suas atribuições enquanto encarregada da fábrica, administradora dos bens da paróquia e comissão de beneficência.
O Código Administrativo de 1895 voltou a estabelecer que o pároco deveria assumir a presidência da Junta de Paróquia. No entanto, após a implantação da República, que provocou a separação do Estado e da Igreja, retirou-se, novamente, a presidência aos párocos.
A lei n.º 88, de 7 de Agosto de 1913, distinguiu as juntas de paróquias civis das paróquias eclesiásticas, apesar de se centrarem ambas nos mesmos limites territoriais.
Finalmente, a Lei nº 621, de 23 de Junho de 1916, alterou definitivamente a designação da junta de paróquia para junta de freguesia, apesar das suas componentes políticas e administrativas se terem mantido praticamente inalteráveis até hoje.
Durante o período denominado Estado Novo, ou seja, entre 1926 e 1974, as freguesias eram definidas como “agregado de famílias que, dentro do território municipal, desenvolve uma acção social comum por intermédio de órgãos próprios”.
A Constituição de 1933 e o Código Administrativo de 1936-1940 dotaram as freguesias de uma peculiaridade no sistema administrativo português: a de serem os únicos órgãos cujos titulares resultavam de sufrágio directo.
O Código Administrativo de 1936-1940, aprovado pelo Decreto-Lei nº 31095 de 31 de Dezembro de 1940, baseou-se essencialmente na lei n.º 1940 de 3 de Abril de 1936, que promulgou as bases da organização administrativa portuguesa, dividida em províncias, distritos, concelhos e juntas de freguesia, classificou as freguesias em urbanas e rurais, podendo ser de 1.ª, 2.ª ou 3.ª ordem, e estipulou a obrigatoriedade de serem eleitas pelas famílias, representadas pelos seus chefes; e na lei nº 1946 de 21 de Dezembro de 1936, que autorizou a publicação de um código administrativo e decretou que as posturas ou regulamentos, a aquisição, onerosa ou gratuita, com encargos, de bens imobiliários e a sua alienação e concessão de servidões sobre bens paroquiais deliberados pelas juntas de freguesia seriam submetidos a referendo ou à apreciação de outros órgãos da administração paroquial.
As juntas de freguesia eram constituídas por três vogais, eleitos directamente para um mandato quadrienal, competindo ao presidente executar ou fazer executar as suas deliberações, que abarcavam diversas áreas: recenseamento eleitoral, recenseamento de pobres e indigentes, assistência social, fontes e águas públicas, caminhos vicinais, matas e arvoredos, cemitérios, administração e conservação de igrejas (quando não existiam corporações fabriqueiras), emissão de atestados de residência, de vida, de costumes e de situação económica, elaboração de posturas e administração de bens próprios ou de bens do logradouro comum da freguesia ou dos seus moradores. Porém, a falta de recursos próprios obrigou a que as juntas dependessem das câmaras e a funcionassem como suas ramificações.
Em 1974 existiam 4029 freguesias, número que aumentou consideravelmente após a revolução de 25 de Abril.
Em 1975, a Assembleia Constituinte foi eleita para elaborar a Constituição da República Portuguesa, aprovada em 1976 e que ainda está em vigor, mas com várias alterações. A Constituição foi dividida em quatro partes: Direitos e Deveres Fundamentais, Organização Económica, Organização do Poder Político e Garantia da Revisão Constitucional. No título VIII da terceira parte, intitulado Poder Local, as autarquias locais foram definidas como “pessoas colectivas territoriais dotadas de órgãos representativos, que viram a prossecução de interesses próprios das populações respectivas” (Artigo 237.º) constituídas pelas freguesias (representadas pela assembleia e pela junta de freguesia), municípios e regiões administrativas.
De acordo com a lei n.º 79/77, de 25 de Outubro, que estabelece as atribuições das autarquias e as competências dos respectivos órgãos, à junta, como órgão executivo da freguesia, competia executar os planos de actividade, os orçamentos e todas as deliberações da assembleia de freguesia ou do plenário, bem como fiscalizar o seu acatamento; propor o plano de actividade e os orçamentos a submeter à aprovação da assembleia de freguesia ou do plenário; administrar os serviços da freguesia, informando a assembleia ou o plenário do seu funcionamento e das irregularidades que se verifiquem; elaborar, anualmente, o relatório de gerência e contas a submeter à aprovação da assembleia de freguesia ou do plenário; instaurar pleitos a defender-se neles, podendo confessar, desistir ou transigir, se não houver ofensa de direitos de terceiros; atestar a residência, vida e situação económica dos cidadãos da freguesia; superintender na gestão e direcção do pessoal ao serviço da freguesia e, nomeadamente, recrutar aquele que for julgado necessário pela assembleia; prover à administração corrente do património da freguesia e à sua conservação; conceder terrenos nos cemitérios sob a administração da freguesia para os jazigos e sepulturas perpétuas; declarar prescritos, a favor da freguesia, após publicação de avisos, os jazigos, mausoléus ou outras obras instaladas nos cemitérios sob a administração da freguesia, quando não sejam conhecidos os seus proprietários ou relativamente aos quais se mostre, de forma inequívoca, desinteresse na sua conservação e manutenção; executar, por administração directa ou empreitada, as obras que constem do plano de actividades aprovado pela assembleia de freguesia ou pelo plenário; proceder à justificação das faltas dos seus membros; prestar a outras entidades públicas a colaboração que lhe for solicitada, nomeadamente em matéria de estatística, fomento, saúde, acção social, cultura e bem-estar das populações; elaborar normas genéricas destinadas a fazer cumprir, na área da freguesia, as posturas e regulamentos municipais e a disciplina dos serviços da freguesia; lavrar termos de identidade, idoneidade e justificação administrativa e passar atestados de comportamento moral e civil; executar as operações de recenseamento eleitoral que lhe forem deferidas por lei; fazer propostas à assembleia sobre as mais diversas matérias; e exercer os demais poderes que lhe sejam conferidos por lei ou por deliberação da assembleia.
Contudo, a lei de 1977 tinha diversas lacunas, imperfeições técnico-jurídicas e deficiências de sistematização, que foram colmatas pelo Decreto-Lei n.º 100/84, de 29 de Março que, por sua vez, sofreu alterações publicadas na lei 35/91, de 27 de Julho. A 18 de Setembro de 1999, publicou-se a lei 169, conhecida por Lei das Autarquias Locais, que estabeleceu o quadro de competências, assim como o regime jurídico de funcionamento, dos órgãos dos municípios e das freguesias, cuja primeira alteração foi publicada na lei n.º 5-A/2002, de 11 de Janeiro.
A freguesia de São Pedro foi instituída após o domínio cristão da Estremadura, em 1225, ou um pouco antes. A 12 de Setembro de 1315, D. Frei Estevão, a partir da Inquirição de 1309, atribuiu a cada uma das quatro igrejas um território paroquial cujos limites rurais foram perfeitamente definidos, mas de que se silenciou a componente urbana.