A Irmandade da Ordem Terceira de São Francisco foi fundada na igreja de São Tiago, a 21 de Novembro de 1676, e era constituída por irmãos e irmãs. Sabemos que teve, pelo menos, dois compromissos: um cuja data desconhecemos e outro de 1890. Inicialmente, como não possuía casa de despacho, nem onde pôr as alfaias, utilizava a casa da Irmandade das Almas e a da Confraria do Santíssimo Sacramento. Mais tarde, o prior e beneficiados de São Pedro concederam-lhes um pedaço de chão para construírem uma casa. A sua principal festividade era a Procissão da Quarta Feira de Cinzas e os seus rendimentos provinham das esmolas mensais dos irmãos e de outras pessoas da vila e do termo. A sua situação financeira melhorou bastante devido à venda do livro Peccador Convertido, que foi dado para esse fim pelo seu autor, Padre Manuel de Deus, missionário do Varatojo. Grande parte das suas receitas serviam para dar esmolas, agasalhos e habitação para os mais pobres. A partir de 1805 passou também a administrar a ermida de São João e o cemitério público.